特藏中心，隶属于图书馆特藏与数字化部。2018年10月，特藏中心经过改造，形成了毅公书屋、望道书屋、卿云书房、特藏主题展厅、特藏阅览室、特藏书库的中心格局。特藏中心承担除古籍以外的特色资源，包括民国文献、老法文图书、老西文图书、复旦人著作、学位论文、校友及各界人士的重要捐赠，以及其它重要的近现代文献及手稿等文献资源的收集、整理、保护、数字化以及提供特藏文献阅览和发掘特藏文献的学术价值和使用价值等各项工作。特藏中心将致力于特色文献收藏系列的建设，如：加强红色经典文献收藏，丰富和强化复旦大学图书馆的红色收藏的馆藏特色，目前已有陈望道校长图书捐赠、陈毅元帅藏书捐赠、Hanlon中校延安鲁艺版画捐赠等红色特色文献。特藏中心将不断整合校内外特色资源，加强特色文献的收集整理，打造特色文献收藏的重镇。