1927年，国立第四中山大学医学院（上海医科大学前身）在上海吴淞诞生，图书馆随学校同时诞生。2000年上海医科大学与复旦大学强强联合后更为现名复旦大学图书馆医科馆。

创馆尹始，馆藏以停办的原江苏医科大学的8箱医书为基础并不断发展。然而在政局跌宕的年代，图书馆也忧患连连。“一二八事变“中，经历炮火洗礼，损失图书甚多；抗战胜利后，内迁重庆的馆藏在回沪途中，图书资料全部沉入江中。但即使经历坎坷，经历代医科馆人的苦心经营与学人的慷慨捐赠，馆藏医科书刊至今已逾40万册。

近百年的积淀，书香芬芳。医科馆将医古籍、民国图书、老西文刊、上医人著作与史料等列为特藏资源，加以保护和研究。上医虽非中医院校，但馆藏中亦有千余册珍贵的医古籍，最早的古籍为明代医书；英文专业期刊也为收藏重点，本馆拥有多种新中国成立前甚至19世纪出版的连续性成套期刊，这些期刊的创刊号尤显珍贵；民国时期，现代医学方兴未艾，医学教育亟需适合本国国情的教材与专著，许多有识之士以此为已任，涌现了一大批医学各学科的开山之作；上医历史上名师云集，人才辈出，16位上医人曾获评一级教授，先后培养了50位两院院士，近年来在特藏建设过程中，我们通过征集等方式获得多位名师的手稿史料。今在这些特藏遴选一二，以飨读者。